The Callisto Protocol is alweer een flinke tijd verkrijgbaar en sindsdien heeft ontwikkelaar Striking Distance Studios al behoorlijk wat zaken toegevoegd en aangepast middels allerhande patches en updates. De studio laat het er voorlopig nog niet bij zitten, want update 5.01 voor de horrorgame is uitgerold.

De update maakt het mogelijk om cutscènes over te slaan, wat weer een reden kan zijn voor spelers om een playthrough op te starten om bijvoorbeeld de tijden van speedruns in te korten. Daarbij is de Dismemberment modus toegevoegd, een mega gewelddadige stand waarin je vijanden makkelijker dan ooit uit elkaar trekt met je verschillende wapens.